Sonja Deppe ist wissenschaftliche Koordinatorin der DFG-Forschungsgruppe „Medizin und die Zeitstruktur guten Lebens“. Gemeinsam mit Mark Schweda leitet sie das Zentral- und Integrationsprojekt (ZIP) dieser Forschungsgruppe. Nach Forschungs- und Lehrtätigkeit an den der Friedrich-Schiller-Universität Jena, der Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg und der Universitätsmedizin Göttingen ist sie seit 2025 wissenschaftliche Mitarbeiterin in der Abteilung Ethik in der Medizin der Universität Oldenburg. Sie wurde an der Universität Koblenz-Landau im Fach Philosophie promoviert, die Dissertation ist unter dem Titel „Die Struktur von Zeit. Eine mit Bergson entworfene Metaphysik als Ausweg aus dem McTaggart’schen Dilemma“ im Schwabe Verlag erschienen. Zuvor hat sie an der Humboldt-Universität zu Berlin Philosophie und Mathematik studiert und Forschungsaufenthalte an der Université Michel de Montaigne Bordeaux III, der Albert-Ludwigs-Universität zu Freiburg sowie der Università di Pisa absolviert.

Im Zentrum der Forschung von Sonja Deppe stehen zeitliche Strukturen – im Bereich des Erlebens, in der Metaphysik, in Zusammenhang mit Psychodiversität und bezüglich der Frage nach einem guten Leben. Ihre Arbeitsweise zeichnet sich durch die bewusste Verknüpfung von Diskursen verschiedener wissenschaftlicher Traditionen und Denkweisen aus, so etwa durch die Konfrontation von analytisch- und kontinentalphilosophischen Fragestellungen oder durch den engen Austausch zwischen empirisch-hermeneutischen und philosophisch-ethischen Forschungsansätzen. Im Teilprojekt ZIP der DFG-FOR 5022 mit dem Titel „Die Relevanz biographischer und generativer (Dis-)Kontinuität für ein gutes Leben“ geht sie der Frage nach, unter welchen Bedingungen Zeitstrukturen als dem guten Leben zuträglich erfahren werden und wie dies insbesondere mit davon abhängt, wie das Verhältnis von beständigen Strukturen einerseits und (Um-)Brüchen andererseits gestaltet werden kann.